Cette technique vise à séparer les molécules d'ADN en fonction de sa charge et de son poids moléculaire. On est en presence d'une plaque d'agarose, d'une solution saline à pH 7 et d'un courant électrique.
La RFLP est une restriction fragment lenght polymorphism technique. Elle permet de différentier les molécules d'ADN de poids moléculaires différents. Ceci est particulièrement utile lorsqu'on a préalablement utilisé des enzymes de restrictions. (Cf schéma du cours).
Pour réaliser un southern blot il faut avoir à sa disposotion une amorce complémentaire de la molécule qui nous intéresse, ici appelée sonde. Cette technique nécessite des brins simple brin pour que la sonde puisse se fixer.
L'ADN reste collé sur la membrane de nilon et il est ensuite révelé grace à la sonde. (Cf schéma de cours).
Dans cette tecnique chaque base est retranscrite sur l'ordinateur par une couleur et un pic. Cf schéma du cours. (Par exemple A=fluorochrome jaune, C=fluorochrome bleu, etc...).
Ne pas oublier dans le sequencage que dans notre génome pour un gène on peut avoir deux allèles différents. Cela se manifestera par un double pic sur notre ordinateur.